De acuerdo con el Sistema Nacional de Alerta de Violación a los Derechos Humanos, el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) es la autoridad con más quejas por violaciones a derechos humanos en el país de 2019 a 2021, mientras que en Puebla suma 167 denuncias. 

Durante 2019, el IMSS acumuló en el sistema de quejas a cargo de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH), 3 mil 374 denuncias en el país y 58 se registraron en el territorio poblano.

Las acusaciones contra la dependencia en Puebla en ese año, fueron por no dar atención médica, no desempeñar correctamente las funciones, por negligencia médica, negar el servicio, no dar medicamentos, no atender a madres y sus hijos o por realizar deficientemente los trámites médicos. 

Otras acusaciones fueron las de no ofrecer información sobre el estado de salud, abandono del paciente, acciones y omisiones contra los derechos de igualdad de los menores de edad, inejecución de sentencia, no dar el servicio de hospitalización y no atender a seropositivos o enfermos de VIH. 

Para 2020, Puebla sumó 67 expedientes de quejas, y se sumaron señalamientos de falta de infraestructura, integración irregular de expedientes, no responder peticiones y revelar datos personales. 

Para 2021, el estado bajó la cantidad de quejas a 41, y la queja nueva respecto a los años anteriores fue el abandono de paciente. 

Las quejas por el servicio del IMSS no siempre se ven reflejadas en expedientes de quejas ante la CNDH, ya que a veces solo se quedan entre derechohabientes.