Puebla se ubicó entre los cinco estados con menor nivel de Impunidad Penal Institucional en el país, con un índice de 75.81 por ciento, por debajo del promedio nacional de 89.42 por ciento, según el estudio Radiografía de la Impunidad 2024. Sin embargo, el informe advierte que la entidad enfrenta problemas en la calidad de las investigaciones, un alto número de sentencias absolutorias y una crisis de confianza en el sistema judicial. El estudio señala que Puebla es la tercera entidad que más utiliza el No Ejercicio de la Acción Penal (NEAP), mecanismo aplicado en el 51.05 por ciento de sus casos, equivalente a 57 mil 399 carpetas de investigación cerradas sin judicialización. Además, la entidad reportó cero por ciento de casos en archivo temporal, lo que refleja una política institucional enfocada en concluir expedientes de manera definitiva en lugar de mantenerlos abiertos. En contraste, Puebla destacó por el uso de los Mecanismos Alternativos de Solución de Controversias (MASC). En sede ministerial resolvió 5 mil 754 asuntos por esta vía y, en tribunales, el 12.49 por ciento de las causas penales terminaron en acuerdos reparatorios, el segundo porcentaje más alto del país. 
Pese a ello, el informe identificó una de las principales debilidades del sistema penal poblano: el 39.71 por ciento de las sentencias fueron absolutorias, cifra superior al promedio nacional y que refleja dificultades de la Fiscalía para sostener los casos en juicio. Te puede interesar: 93% de delitos en México no se denuncian ni se investigan: México Evalúa El análisis también evidenció una crisis de legitimidad judicial. Puebla se colocó entre los tres estados con menor confianza ciudadana en sus jueces, con apenas 49.6 por ciento de percepción favorable. A esto se suma una elevada cifra negra, ya que el 93.54 por ciento de los delitos en la entidad no son denunciados ante las autoridades, porcentaje superior a la media nacional. A nivel nacional, el estudio concluyó que el 89.42 por ciento de los casos que debieron resolverse en 2024 no obtuvieron una solución efectiva. También advirtió una desconexión entre seguridad y justicia, pues de 8.8 millones de reportes al 911, solo 2.15 millones derivaron en denuncias formales.
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