Las iglesias en que han localizado restos prehispánicos son La Preciosa, San Antonio, San Francisquito, Santa María Yancuitlalpan y San Francisco Yancuitlalpan Redacción En el siglo 16 existió una amplia variedad de asentamientos en lo que es hoy la ciudad de Huamantla, por lo que es posible que haya sitios arqueológicos, de manera específica, pirámides, debajo de diversos templos de este lugar, así lo dio a conocer el excronista José Hernández Castillo. Las iglesias en que se han registrado vestigios prehispánicos son: La Preciosa, San Antonio, San Francisquito, Santa María Yancuitlalpan y San Francisco Yancuitlalpan. Se tiene conocimiento desde hace tiempo que Yancuitlalpan es una zona arqueológica. Hernández Castillo dijo que estos lugares no pueden ser descubiertos ya que hoy, encima se encuentran las edificaciones de las iglesias, aunque sólo una parte puede ser excavada para rescatarla. Esta zona es conocida como las Cruces, cerca de la ermita. Ahí se puede observar un montículo. Explicó que eran asentamientos donde se presume hubo pirámides. La leyenda del barrio de San Antonio, antes de ser evangelizado, cuenta que la tribu otomí de aquel lugar en el siglo 16 veneraba a la diosa Xochiquetzalli, deidad del amor, de las flores y las artes. Al llegar el sincretismo, los frailes evangelizadores, sobre el antiguo basamento de la deidad indígena construyeron la capilla dedicada al Santo devoto de los enamorados, San Antonio de Padua a quien heredaron los atributos de la diosa del amor. A este lugar se le conoce como el Barrio de los enamorados. Cabe mencionar que Huamantla formó parte de la primera aldea sedentaria. Constituyó uno de los 13 asentamientos descubiertos hasta ahora en Tlaxcala. Esta localidad debió formarse entre los años mil 800 al, mil 200 a. C.