La demanda de mezcal que actualmente se está registrando entre los consumidores, está ocasionando que en los municipios productores de esta bebida, que se encuentran dentro de la Reserva de la Biosfera Tehuacán-Cuicatlán, se presente un impacto ambiental y ecológico negativo en la zona; además, con el pretexto de la producción se están reportando saqueos de magueyes endémicos. 

Los municipios que registran mayor daño ecológico por la extracción de planta endémica para la producción de esta bebida son Zapotitlán Salina y Caltepec, debido a que los magueyes que se utilizan son del monte. La demanda que se tiene se estima en más de 8 millones de litros al mes de mezcal.

Luego de que el estado de Puebla logró la denominación de origen del mezcal, y que ahora sea el segundo productor del país de este licor, se comenzó a elaborar esta bebida etílica a mayor escala, dañando el Área Natural Protegida.

Los directivos de la Reserva de la Biosfera calificaron la situación como alarmante, pues los productores no están permitiendo que los magueyes lleguen a la edad adulta antes de cortarlos, para que genere la cantidad de azúcar que se requiere.

Para producir el mezcal solicitado en el mercado se necesitan de 300 a 600 piñas y se estima que se están utilizando 12 mil plantas de maguey para la elaboración del mezcal.

A pesar de que algunos productores ya están aplicando acciones de reforestación, el problema es que deben pasar más de 6 años para que la planta realmente sirva para realizar el mezcal.

El director de la Reserva de la Biosfera, Fernando Reyes Flores indicó que el impacto al medio ambiente a corto plazo se ve reflejado en la disminución de las poblaciones silvestres de maguey endémico.

Las especias de maguey más demandas son la marmorata, patotorum y el agave Iyobaa, por lo que se analiza la forma de que estas plantas tengan menor impacto con la producción del mezcal.