Los municipios de Tepeaca, Puebla, San Andrés Cholula y Tehuacán fueron señalados por la Auditoría Superior del Estado (ASF) porque no presentaron sus informes de avance de obra, ni financieros ante la autoridad competente y tampoco los publicaron en sus medios de difusión, en ese sentido el órgano fiscalizador consideró faltas a la transparencia, pero no daño patrimonial en el ejercicio de 136 millones 715 mil 500 pesos que devengaron esos Ayuntamientos en diversos fondos.

En Tepeaca, se auditó el Fondo para el Fortalecimiento de la Infraestructura Estatal y Municipal, en ese municipio, se cuestionó la falta de presentación y actualización de la información, ya que no se entregaron datos como los avances físicos y financieros de las obras, tampoco sus costos ni sus proveedores, la información no se envió a la Secretaría de Hacienda ni se publicó por los canales de difusión de la comunidad.

Para los municipios de Puebla, San Pedro y San Andrés Cholula, así como Tehuacán, el órgano fiscalizador analizó el ejercicio del Programa de Fortalecimiento a la Seguridad (Fortaseg). En ese sentido, observó a la capital del estado que tampoco publicó el informe de avance financiero, no detalló información sobre la infraestructura en la que se invirtieron los recursos ni el cumplimiento de las metas, pero al final, no se encontró daño patrimonial.

En el municipio de San Andrés Cholula sólo se omitió presentar el primer reporte de aplicación de los recursos, pero también se comprobó la correcta inversión del dinero. En tanto, San Pedro Cholula no tuvo observación alguna, porque publicó los informes de los cuatro cuatrimestres en tiempo y forma, presentando congruencia entre lo recibido y lo erogado.

En un principio, el municipio de Tehuacán no entregó la documentación de aplicación de los recursos, tampoco el comprobante del reintegro de un subejercicio a la Tesorería de la Federación, pero más adelante, esta observación fue solventada, sin embargo, como los otros municipios, tampoco publicó sus informes con los avances financieros y de aplicación de recursos.

Como parte de la fiscalización parcial de la Cuenta Pública 2016, la Auditoría Superior de la Federación también analizó el avance de Acajete y Puebla en el Sistema de Evaluación de Desempeño del Gasto Federalizado, sobre la organización para el gasto público.

En dicha revisión no se analizó el ejercicio de recursos, sino la implementación del sistema para hacer más eficiente el gasto público, ambas entidades fueron cuestionadas por tener un déficit en la aplicación del programa, pero al final el órgano fiscalizador presentó sus recomendaciones para trabajar en las áreas de oportunidad.