Aproximadamente desde el 2023, el Mercado Morelos ha registrado un aumento considerable en la violencia; grupos criminales en disputa por el territorio lo han provocado. La autoridad ha señalado la zona conflictiva con presencia de crimen organizado; a lo largo de este tiempo han destacado nombres como:
Los delitos cometidos en el Mercado Morelos y zonas aledañas comúnmente se traducen en extorsión, homicidio doloso, privación ilegal de la libertad, narcomenudeo y cobro de piso. Uno de los primeros hechos de impacto de la reciente ola de violencia en la zona se presentó el 2 de agosto de 2023; de este incidente resultó una persona sin vida y se registró la detención de una decena de personas, entre ellos se encontraba “El Tali”, líder de una banda de narcomenudistas identificada como “La Mafia de Analco”, quienes buscaban el control del mercado tras la muerte de “El Grillo” en un penal de Oaxaca el 5 de junio de 2023; al dejar la plaza vacía, se desató la lucha por el manejo de la zona. 
El 31 de octubre de 2023 una balacera se desató en el sitio; el saldo fue de cuatro personas sin vida y dos lesionados. La Fiscalía informó que el ataque estaba relacionado con cobro de piso. En esta ocasión se señaló a un grupo encabezado por Roberto N., “El Gabo”, líder de “Los Michoacanos”, quien buscaba traficar mercancía y tomar el control. Derivado de los incidentes previos, los grupos delictivos comenzaron una etapa de reorganización. En 2024, se vivió en el complejo comercial una tensa calma sin incidentes mayores, salvo algunos operativos de revisión realizados por la autoridad. En 2025 se registró un incremento considerable en la violencia. El 3 de junio se encontró un cadáver al interior de un costal en la privada de la 46 A Norte y 16 Oriente; un operativo interinstitucional fue montado mientras agentes periciales realizaron el levantamiento del cadáver. 
Vecinos informaron que el cuerpo fue hallado al amanecer sin haber visto quién lo dejó. Exactamente en el mismo punto y en condiciones similares, el 20 de junio fueron hallados dos cadáveres más, emplayados y con huellas de tortura; la autoridad ministerial relacionó ambos casos. El 22 de agosto, dos locatarios del Mercado Morelos sufrieron un levantón mientras se encontraban en sus comercios; las víctimas fueron torturadas hasta perder la vida. El 24 de agosto de 2025, fueron encontrados restos humanos entambados en la calle 18 Poniente del Centro Histórico, inmediaciones del Mercado 5 de Mayo. 
En octubre de 2025, la Fiscalía General del Estado cumplió una orden de aprehensión contra Héctor N., señalado como presunto responsable del hallazgo de los comerciantes emplayados; además Jesús N. fue aprehendido por delitos contra la salud, cohecho y portación de armas de uso exclusivo. En febrero de 2026, la autoridad realizó cateos en operativos interinstitucionales en el Mercado Morelos; se hallaron vehículos con reporte de robo y una fosa clandestina con restos óseos. El 1 de marzo, la Secretaría de Seguridad Pública (SSP) informó de la detención de tres probables responsables de delitos contra la salud y cobro de piso: Erwin James N., de 29 años y originario de Colombia; Alfredo Frank N. y Ana Paola N. El 2 de marzo, el Vicealmirante Francisco Sánchez aseguró que todas las acciones buscan recuperar espacios comerciales y erradicar organizaciones criminales.
Entre el 13 y 18 de marzo, se lograron 25 detenciones de presuntos miembros de “La Familia Michoacana”; entre ellos José Santiago N., “El Charro”, Nayeli N., “La Güera” y “El Topo”. El 10 de abril, un grupo de cuatro sujetos armados atacó el Bar Cachao en la colonia 10 de Mayo; tres empleados resultaron heridos de bala. Te puede interesar: Ataque armado en bar "Cachao"; sujetos en moto disparan y huyen El 16 de abril, un comando armado disparó contra un domicilio en calle 42 Norte e Ignacio Zaragoza e incendió una camioneta. El 19 de abril, un grupo de hombres vestidos de mariachi atacó en la colonia México 68; tres personas resultaron lesionadas. El 23 de abril, un ataque contra una miscelánea dejó sin vida a Angelique, de 19 años, familiar de los dueños del negocio. El coronel Félix Pallares informó que el ataque estaba dirigido contra “La Barbi”, ligada a extorsión y cobro de piso. 
El 3 de mayo, un ataque contra una tortillería dejó un hombre sin vida tras recibir seis disparos. Te puede interesar: Balacera en el Mercado Morelos deja tres heridos; niño recibe tiro en la cabeza El 6 de mayo, un ataque en 48 Norte y calle Ciclismo dejó tres lesionados, entre ellos un menor de 9 años. Posteriormente, el pequeño Tadeo falleció tras 20 días hospitalizado. El 1 de junio, un ataque directo entre el Morelos y El Campanario dejó tres lesionados; minutos después fueron detenidos los agresores en la colonia México 68. El 2 de junio, el Vicealmirante Francisco Sánchez confirmó que los ataques recientes son disputas entre “Los Toscano” y “La Familia Michoacana”; aseguró operativo permanente con corporaciones de seguridad de los tres órdenes de gobierno. |